根据新疆证监局在2025年9月16日发布的公告，新疆锦棉种业科技股份有限公司因存在违规问题而被采取责令改正并出具警示函的措施。相关责任人受到监管谈话并出具警示函的措施。
公告指出，该公司总经理岗位长期空缺，自2021年11月25日至检查日未按《公司章程》规定聘任总经理，违反了相关公司治理规则。另外，公司在2024年与关联方新疆北方建设集团有限公司及胡杨河新兵农农业科技发展有限公司开展的关联交易金额为3392万元人民币，占公司最近一期经审计净资产的41.13%，但未按规定履行审议程序及信息披露义务，违反了信息披露管理办法的有关规定。
毕双杰和毕玉昆作为公司主要责任人，对上述违规行为负有主要责任，受到监管谈话并出具警示函的措施。
新疆证监局要求新疆锦棉种业科技股份有限公司认真吸取教训，强化对证券法律法规的学习，及时聘任总经理，完善公司治理结构，并在收到决定书之日起30日内提交书面整改报告。