据央视媒体报道，美东时间6月2日，哈佛大学请求一名波士顿联邦法官发布判决，以赶在9月3日秋季开学前解冻特朗普政府冻结的25亿美元资金。
哈佛指出，因拒绝了白宫提出的一系列带有政治目的的要求，该大学自4月14日以来已收到957份命令，要求冻结与国家安全要挟、癌症和流行症等研究相关的钱财。被终止的拨款用途包含儿童艾滋病毒研究、提高国防部对新兴生物要挟的领会，和更好理解暗能量等领域。
哈佛特别援引国防顶级研究计划局的文件指出，其中1200万美元的新兴生物要挟研究资助不应因所谓的“国家安全风险”而终止，此举有悖于国家利益，也违反了联邦法律。
该大学负责研究事务的副教务长John Shaw则写到，缺少了政府拨款，学校实验室里的敏感设备将闲置，易腐样本会变质，猴子等活体标本会被安乐死……突然的钱财中断会使长时间以来的心血中途而 废。该案的听证会定于7月21日举行。
作为私立大学，哈佛2023年的年度预算高达61亿美元，其来源构成主要包含慈善捐献与基金收益（43%）、学费与科研收入（39%）和联邦政府拨款（11%）等，后者主要用于基础建设和特定研究领域。
本轮巴以冲突爆发后，常青藤成员、加州大学系等引领的美国高校学生反犹活动此起彼伏，并逐步蔓延到了整个高等教育界。第贰次入主白宫之后，特朗普誓言要对被其视为“自由主义温床”的大学采取行动，试图强逼后者遵守他的政治议程。历史最悠久的私立大学哈佛成为重点目标。
今年3月，联邦教育部、卫生与公共服务部和总务管理局联合勒令哈佛进行10点整改要求，包含对领导结构、招生和招聘进行完全改革。具体措施为向联邦政府提供所有录取学生数据、禁止校园抗议活动参与者戴面罩、立即关闭包容性（DEI）项目、打击反犹太主义等，不然将审查87亿美元拨款和总值2.556亿美元的项目合同。
在哈佛明确拒绝后，特朗普政府于4月中旬冻结了20多亿美元的联邦拨款资金，还考虑再冻结10亿美元拨款，发起针对哈佛运营的多项调查、要挟国际同学的教育、宣布考虑撤消哈佛大学的免税资格等。
5月22日，国土安全部根据特朗普命令暂停哈佛招收国际同学的资格，后者的学生和交流访问者项目（SEVP）认证被撤消。此举将使哈佛在2025-2026学年不得招收任何持F类或J类非移民身份的外籍学生。现有持这两类身份的学生务必转学至其它高校，不然将无法维持其非移民身份。
近期以来，特朗普持续向哈佛发难。他在社交媒体发文要求哈佛提交所有国际生的姓名与国籍信息。他指责部分生源国对美国不友好，也木有为其同学的培养支付任何费用，白宫将根据名单来决定有多少激进化人士、麻烦制造者不能再进入我们的国家。
不过，特朗普政府暂停哈佛招收国际同学的行动也面临阻碍。5月22日，加州联邦法官杰弗里·怀特法官发布了全美范围的临时禁令，阻止其在相关案件审理期间终止各大学（包含哈佛）国际学生合法身份的措施生效，还禁止其以移民身份为由，逮捕或拘留在美国之外诞生的学生。
几个月来，特朗普政府试图驱逐少数参与抗议加沙活动的学生，其中一些学生甚至拥有绿卡。白宫的解释是可能造成不利的外交政策后果。不过，律师们认为这些行为侵犯了同学的宪法第壹修正案权利。